Родился 23 мая 1877 года в  селе Комаровка Борзенского уезда Черниговской губернии в семье священника Михайловской церкви этого села и Законоучителя Комаровской Земской школы Павла Николаевича Ягодовского и его супруги Елизаветы Николаевны. На момент рождения Константина у Ягодовских уже было 4 сына и 5 дочерей. Семья жила в ветхом, но собственном, доме. Несмотря на скромное содержание, получаемое отцом, детям старались дать образование: старшие сыновья учились в гимназии, а дочери в Епархиальном Женском училище.

На момент, когда Константину пришло время тоже поступать в гимназию, старшие братья уже выросли, выучились, поступили на службу и помогали семье. Было решено, что мальчик поедет в столицу, где его старший брат Алексей учился в Университете, и будет поступать в гимназию Императорского Санкт-Петербургского Историко-Филологического Института. 26 мая 1888 года 11-летний Константин Ягодовский  сдал вступительные испытания и был зачислен в 1 класс, но в этом же году отец ходатайствовал о переводе сына в гимназию, состоящую при Историко-Филологическом Институте Князя Безбородко в Нежине. Ходатайство было удовлетворено. Последующие 8 лет Константин провел в Нежине. По окончании гимназии, 29 мая 1896 года, во внимание к постоянно отличному поведению и прилежанию и к отличным успехам в науках, Педагогический Совет наградил его серебряной медалью.

9 августа того же 1896 года юноша подал прошение о зачислении в число студентов естественного отделения физико-математического факультета Императорского Санкт-Петербургского Университета и был принят на 1 курс. К тому времени умерла одна из сестер Константина, а затем умер и ее муж, священник Федор Сахновский. От них осталось два малолетних сына, которых взял на воспитание их дед Павел Николаевич Ягодовский. Годовое содержание, а так же доход, получаемый с прихода, с трудом покрывали расходы семьи, не смотря на это Константин продолжал учиться, хоть и был вынужден подать прошение об освобождении от платы за право учения. За время учебы в Университете Ягодовский слушал курсы по химии, зоологии и сравнительной анатомии, ботанике, минералогии и геологии, физике и физической географии, кристаллографии, участвовал в установленных учебным планом практических занятиях, подвергся испытанию по Богословию и немецкому языку и в результате, 20 февраля 1901 года получил Свидетельство об окончании Университета и право преподавания естественной истории.

За время своей педагогической работы Константин Павлович учительствовал в Оренбурге, преподавал зоологию в восьмиклассном коммерческом училище А.К. Трейфельда в Выборге, читал лекции на педагогических курсах при Фребелевском обществе, в Психоневрологическом Институте в Петербурге и принимал участие в выездных лекциях для учителей по всей Российской Империи. С 1914 года был директором и Председателем Педагогического Совета женской гимназии М.Н. Стоюниной в Петрограде, одновременно преподавал в Танишевском училище и Педагогическом институте.

В 1916 году, уже будучи профессором, К.П. Ягодовский был назначен директором Глуховского Учительского Института и Председателем Педагогического Совета Глуховской женской гимназии, а позднее и директором гимназии. В оба этих учебных заведения Ягодовский привлек в качестве преподавателей лучших педагогов города. Среди них был уроженец Глухова Я.Н. Колубовский, вернувшийся в то время из голодного Петрограда и читавший в Институте историю философии, и несколько глуховчанок - учительниц гимназии Стоюниной, вернувшихся за Ягодовским на родину. К.П. Ягодовский в эти годы стал одним из самых видных общественных деятелей города. Осенью 1917 года Ягодовский стал одним из инициаторов создания "Новой гимназии", в которую были приглашены для преподавания учителя из Учительского института. Гимназия помещалась вначале в доме Терещенко, а затем в здании Учительского института. К.Н. Ягодовский стал первым директором этой гимназии.

В 1923 году Ягодовский вернулся в Петроград на старое место работы, а в начале 1930-х годов переехал в Москву, где работал в Институте Политехнического образования. В конце 1930-х годов был репрессирован, год провел в заключении, а затем был выслан в Свердловск. Однако, впоследствии он участвовал в разработке правительственного плана организации суворовских училищ и был автором огромного количества работ по методике преподавания естествознания.

Скончался К.П. Ягодовский в 1943 году в Москве.